
Gli organi della Confagricoltura Lombardia sono:
L'Assemblea Generale, che è costituita da:
- tutti i soci
- i presidenti delle federazioni regionali di prodotto
- i delegati delle Xi provinciali agricoltori (da un minimo di 1 ad un massimo di 4 in rapporto al numero dei soci)
- È presieduta dal Presidente della Confagricoltura Lombardia. Delibera sulle questioni di maggiore importanza per l'attività dell'Xe: approva il bilancio o il rendiconto consuntivo; nomina il Collegio dei Revisori e il Collegio dei Probiviri

Il Consiglio Direttivo, che è costituito da:
- il presidente
- il vice presidente
- i presidenti delle U.P.A. (i Direttori delle U.P.A. vi partecipano solo con voto consultivo)
- il presidente regionale dell'Associazione Nazionale Giovani Agricoltori (A.N.G.A.)
- tre membri eletti dall'Assemblea Generale nel proprio seno in rappresentanza dei sindacati di categoria, ossia la Federazione dei proprietari conduttori, la Federazione degli affittuari conduttori e la Federazione dell'impresa familiare coltivatrice
Il Consiglio Direttivo a i più ampi poteri per la gestione dell'Xe con la facoltà di compiere tutto ciò che ritiene opportuno per il raggiungimento degli scopi dell'Organizzazione (escluso quanto vietato dalla Legge o dallo Statuto).
Consulta e scarica qui l'attuale composizione del Consiglio Direttivo di Confagricoltura Lombardia.
Il Presidente: dirige e rappresenta l'Xe dando esecuzione alle deliberazioni dell'Assemblea e del Consiglio; è di diritto Presidente dell'Assemblea e del Consiglio. Il Presidente è Riccardo Crotti, veterinario cremasco dal 1975 e già presidente dell’Associazione provinciale allevatori (APA) di Cremona per quindici anni.
I revisori dei Conti sono un organo di controllo dell'Xe che partecipa di diritto alle riXi del Consiglio; ne fanno parte 3 membri esecutivi e 2 supplenti nominati dall'Assemblea anche tra i non soci.
I Probiviri giudicano le questioni che possano sorgere tra soci e soci e l'Xe; lo compongono 3 membri esecutivi e 2 supplenti nominati dall'Assemblea anche tra i non soci.
La Direzione Generale fa capo ad un Direttore nominato dal Consiglio le cui funzioni sono stabilite con regolamento interno speciale. Il direttore dell’Organizzazione sindacale in carica è Stefano Zuliani, riportato nella foto a sinistra.